; Force field (FF) parameters for cholesterol ; Use together with "forcefield.ff" (available at http://people.su.se/~jjm or ; on http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields) ; Can be used togther with the AMBER99SB/AMBER99SB-ILDN/AMBER03 FF for proteins ; ; For support/suggestions or whatever: joakim.jambeck@mmk.su.se/joakim.jambeck@gmail.com or lyuba.mmk.su.se ; ; !!!! MAKE SURE YOU CITE THE FOLLOWING REFERENCES WHEN USING THIS FORCE FIELD !!!! ; ; Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubertsev, "Derivation and Systematic Validation of ; a Refined All-Atom Force Field for Phosphatidylcholine Lipids", ; J. Phys. Chem. B, 2012, 116, 3164-3179 ; ; and ; ; Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubertsev, "An Extension and Further Validation of an All-Atomistic Force Field ; for Biological Membranes" ; J. Chem. Theory Comput., 8, 2938-2948 ; ; and ; Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubertsev, "Another Piece of the Membrane Puzzle: Extending Slipids Further" ; J. Chem. Theory Comput., DOI: 10.1021/ct300777p [ moleculetype ] ; Name nrexcl Cholesterol 3 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass 1 CTL1 1 CHL1 C3 1 0.2347 12.011 2 OHL 1 CHL1 O3 2 -0.6278 15.9994 3 HOL 1 CHL1 H3' 3 0.3768 1.008 4 HAL1 1 CHL1 H3 4 0.0954 1.008 5 CTL2 1 CHL1 C4 5 -0.2235 12.011 6 HAL2 1 CHL1 H4A 6 0.0926 1.008 7 HAL2 1 CHL1 H4B 7 0.0926 1.008 8 CEL1 1 CHL1 C5 8 -0.1136 12.011 9 CEL1 1 CHL1 C6 9 -0.2075 12.011 10 HEL1 1 CHL1 H6 10 0.1137 1.008 11 CTL2 1 CHL1 C7 11 -0.0260 12.011 12 HAL2 1 CHL1 H7A 12 0.0353 1.008 13 HAL2 1 CHL1 H7B 13 0.0353 1.008 14 CTL1 1 CHL1 C8 14 0.0027 12.011 15 HAL1 1 CHL1 H8 15 0.0573 1.008 16 CTL1 1 CHL1 C14 16 0.0156 12.011 17 HAL1 1 CHL1 H14 17 0.0144 1.008 18 CTL2 1 CHL1 C15 18 -0.0951 12.011 19 HAL2 1 CHL1 H15A 19 0.0211 1.008 20 HAL2 1 CHL1 H15B 20 0.0211 1.008 21 CTL2 1 CHL1 C16 21 -0.0763 12.011 22 HAL2 1 CHL1 H16A 22 0.0275 1.008 23 HAL2 1 CHL1 H16B 23 0.0275 1.008 24 CTL1 1 CHL1 C17 24 0.0375 12.011 25 HAL1 1 CHL1 H17 25 0.0089 1.008 26 CTL1 1 CHL1 C13 26 0.0856 12.011 27 CTL3 1 CHL1 C18 27 -0.0864 12.011 28 HAL3 1 CHL1 H18A 28 0.0129 1.008 29 HAL3 1 CHL1 H18B 29 0.0129 1.008 30 HAL3 1 CHL1 H18C 30 0.0129 1.008 31 CTL2 1 CHL1 C12 31 -0.0529 12.011 32 HAL2 1 CHL1 H12A 32 0.0010 1.008 33 HAL2 1 CHL1 H12B 33 0.0010 1.008 34 CTL2 1 CHL1 C11 34 -0.0632 12.011 35 HAL2 1 CHL1 H11A 35 0.0285 1.008 36 HAL2 1 CHL1 H11B 36 0.0285 1.008 37 CTL1 1 CHL1 C9 37 0.0322 12.011 38 HAL1 1 CHL1 H9 38 0.0221 1.008 39 CTL1 1 CHL1 C10 39 0.0541 12.011 40 CTL3 1 CHL1 C19 40 -0.0532 12.011 41 HAL3 1 CHL1 H19A 41 0.0173 1.008 42 HAL3 1 CHL1 H19B 42 0.0173 1.008 43 HAL3 1 CHL1 H19C 43 0.0173 1.008 44 CTL2 1 CHL1 C1 44 -0.0087 12.011 45 HAL2 1 CHL1 H1A 45 0.0108 1.008 46 HAL2 1 CHL1 H1B 46 0.0108 1.008 47 CTL2 1 CHL1 C2 47 -0.1137 12.011 48 HAL2 1 CHL1 H2A 48 0.0401 1.008 49 HAL2 1 CHL1 H2B 49 0.0401 1.008 50 CTL2 1 CHL1 C20 50 0.0552 12.011 51 HAL2 1 CHL1 H20 51 0.0192 1.008 52 CTL3 1 CHL1 C21 52 -0.2180 12.011 53 HAL3 1 CHL1 H21A 53 0.0546 1.008 54 HAL3 1 CHL1 H21B 54 0.0546 1.008 55 HAL3 1 CHL1 H21C 55 0.0546 1.008 56 CTL2 1 CHL1 C22 56 -0.0268 12.011 57 HAL2 1 CHL1 H22A 57 -0.0007 1.008 58 HAL2 1 CHL1 H22B 58 -0.0007 1.008 59 CTL2 1 CHL1 C23 59 -0.0050 12.011 60 HAL2 1 CHL1 H23A 60 0.0031 1.008 61 HAL2 1 CHL1 H23B 61 0.0031 1.008 62 CTL2 1 CHL1 C24 62 -0.0910 12.011 63 HAL2 1 CHL1 H24A 63 0.0279 1.008 64 HAL2 1 CHL1 H24B 64 0.0279 1.008 65 CTL1 1 CHL1 C25 65 0.2015 12.011 66 HAL1 1 CHL1 H25 66 -0.0039 1.008 67 CTL3 1 CHL1 C26 67 -0.2338 12.011 68 HAL3 1 CHL1 H26A 68 0.05075 1.008 69 HAL3 1 CHL1 H26B 69 0.05075 1.008 70 HAL3 1 CHL1 H26C 70 0.05075 1.008 71 CTL3 1 CHL1 C27 71 -0.2338 12.011 72 HAL3 1 CHL1 H27A 72 0.05075 1.008 73 HAL3 1 CHL1 H27B 73 0.05075 1.008 74 HAL3 1 CHL1 H27C 74 0.05075 1.008 [ bonds ] ; 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ai aj ak funct c0 c1 c2 c3 2 1 4 5 2 1 5 5 2 1 47 5 4 1 5 5 4 1 47 5 5 1 47 5 1 2 3 5 1 5 6 5 1 5 7 5 1 5 8 5 6 5 7 5 6 5 8 5 7 5 8 5 5 8 9 5 5 8 39 5 9 8 39 5 8 9 10 5 8 9 11 5 10 9 11 5 9 11 12 5 9 11 13 5 9 11 14 5 12 11 13 5 12 11 14 5 13 11 14 5 11 14 15 5 11 14 16 5 11 14 37 5 15 14 16 5 15 14 37 5 16 14 37 5 14 16 17 5 14 16 18 5 14 16 26 5 17 16 18 5 17 16 26 5 18 16 26 5 16 18 19 5 16 18 20 5 16 18 21 5 19 18 20 5 19 18 21 5 20 18 21 5 18 21 22 5 18 21 23 5 18 21 24 5 22 21 23 5 22 21 24 5 23 21 24 5 21 24 25 5 21 24 26 5 21 24 50 5 25 24 26 5 25 24 50 5 26 24 50 5 16 26 24 5 16 26 27 5 16 26 31 5 24 26 27 5 24 26 31 5 27 26 31 5 26 27 28 5 26 27 29 5 26 27 30 5 28 27 29 5 28 27 30 5 29 27 30 5 26 31 32 5 26 31 33 5 26 31 34 5 32 31 33 5 32 31 34 5 33 31 34 5 31 34 35 5 31 34 36 5 31 34 37 5 35 34 36 5 35 34 37 5 36 34 37 5 14 37 34 5 14 37 38 5 14 37 39 5 34 37 38 5 34 37 39 5 38 37 39 5 8 39 37 5 8 39 40 5 8 39 44 5 37 39 40 5 37 39 44 5 40 39 44 5 39 40 41 5 39 40 42 5 39 40 43 5 41 40 42 5 41 40 43 5 42 40 43 5 39 44 45 5 39 44 46 5 39 44 47 5 45 44 46 5 45 44 47 5 46 44 47 5 1 47 44 5 1 47 48 5 1 47 49 5 44 47 48 5 44 47 49 5 48 47 49 5 24 50 51 5 24 50 52 5 24 50 56 5 51 50 52 5 51 50 56 5 52 50 56 5 50 52 53 5 50 52 54 5 50 52 55 5 53 52 54 5 53 52 55 5 54 52 55 5 50 56 57 5 50 56 58 5 50 56 59 5 57 56 58 5 57 56 59 5 58 56 59 5 56 59 60 5 56 59 61 5 56 59 62 5 60 59 61 5 60 59 62 5 61 59 62 5 59 62 63 5 59 62 64 5 59 62 65 5 63 62 64 5 63 62 65 5 64 62 65 5 62 65 66 5 62 65 67 5 62 65 71 5 66 65 67 5 66 65 71 5 67 65 71 5 65 67 68 5 65 67 69 5 65 67 70 5 68 67 69 5 68 67 70 5 69 67 70 5 65 71 72 5 65 71 73 5 65 71 74 5 72 71 73 5 72 71 74 5 73 71 74 5 [ dihedrals ] ; 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