; Force field (FF) parameters for POPG (1-hexadecanoyl-2-(9Z-octadecenoyl)-sn-glycero-3-phospho-(1'-rac-glycerol)) ; Use together with "forcefield.ff" (available at http://people.su.se/~jjm or ; on http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields) ; Can be used togther with the AMBER99SB/AMBER99SB-ILDN/AMBER03 FF for proteins ; ; For support/suggestions or whatever: joakim.jambeck@mmk.su.se/joakim.jambeck@gmail.com or lyuba.mmk.su.se ; ; !!!! MAKE SURE YOU CITE THE FOLLOWING REFERENCES WHEN USING THIS FORCE FIELD !!!! ; ; Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubertsev, "Derivation and Systematic Validation of ; a Refined All-Atom Force Field for Phosphatidylcholine Lipids", ; J. Phys. Chem. B, 2012, 116, 3164-3179 ; ; and ; ; Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubertsev, "An Extension and Further Validation of an All-Atomistic Force Field ; for Biological Membranes" ; J. Chem. Theory Comput., 8, 2938-2948 ; ; and ; Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubertsev, "Another Piece of the Membrane Puzzle: Extending Slipids Further" ; J. Chem. Theory Comput., DOI: 10.1021/ct300777p [ moleculetype ] ; Name nrexcl POPG 3 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass 1 CTL2 1 POPG C13 1 0.03 12.011 2 HAL2 1 POPG H13A 2 0.06 1.008 3 HAL2 1 POPG H13B 3 0.06 1.008 4 OHL 1 POPG OC3 4 -0.60 15.9994 5 HOL 1 POPG HO3 5 0.44 1.008 6 CTL1 1 POPG C12 6 0.10 12.011 7 HAL1 1 POPG H12A 7 0.06 1.008 8 OHL 1 POPG OC2 8 -0.58 15.9994 9 HOL 1 POPG HO2 9 0.39 1.008 10 CTL2 1 POPG C11 10 -0.08 12.011 11 HAL2 1 POPG H11A 11 0.08 1.008 12 HAL2 1 POPG H11B 12 0.08 1.008 13 PL 1 POPG P 13 1.38 30.974 14 O2L 1 POPG O13 14 -0.86 15.9994 15 O2L 1 POPG O14 15 -0.86 15.9994 16 OSLP 1 POPG O12 16 -0.47 15.9994 17 OSLP 1 POPG O11 17 -0.49 15.9994 18 CTL2 1 POPG C1 18 -0.10 12.011 19 HAL2 1 POPG HA 19 0.08 1.008 20 HAL2 1 POPG HB 20 0.08 1.008 21 CTL1 1 POPG C2 21 0.47 12.011 22 HAL1 1 POPG HS 22 0.07 1.008 23 OSL 1 POPG O21 23 -0.47 15.9994 24 CL 1 POPG C21 24 0.79 12.011 25 OBL 1 POPG O22 25 -0.65 15.9994 26 CTL2 1 POPG C22 26 -0.06 12.011 27 HAL2 1 POPG H2R 27 0.03 1.008 28 HAL2 1 POPG H2S 28 0.03 1.008 29 CTL2 1 POPG C3 29 0.20 12.011 30 HAL2 1 POPG HX 30 0.06 1.008 31 HAL2 1 POPG HY 31 0.06 1.008 32 OSL 1 POPG O31 32 -0.47 15.9994 33 CL 1 POPG C31 33 0.79 12.011 34 OBL 1 POPG O32 34 -0.65 15.9994 35 CTL2 1 POPG C32 35 -0.06 12.011 36 HAL2 1 POPG H2X 36 0.03 1.008 37 HAL2 1 POPG H2Y 37 0.03 1.008 38 CTL2 1 POPG C23 38 0.0 12.011 39 HAL2 1 POPG H3R 39 0.0 1.008 40 HAL2 1 POPG H3S 40 0.0 1.008 41 CTL2 1 POPG C24 41 0.0 12.011 42 HAL2 1 POPG H4R 42 0.0 1.008 43 HAL2 1 POPG H4S 43 0.0 1.008 44 CTL2 1 POPG C25 44 0.0 12.011 45 HAL2 1 POPG H5R 45 0.0 1.008 46 HAL2 1 POPG H5S 46 0.0 1.008 47 CTL2 1 POPG C26 47 0.0 12.011 48 HAL2 1 POPG H6R 48 0.0 1.008 49 HAL2 1 POPG H6S 49 0.0 1.008 50 CTL2 1 POPG C27 50 0.0 12.011 51 HAL2 1 POPG H7R 51 0.0 1.008 52 HAL2 1 POPG H7S 52 0.0 1.008 53 CTL2 1 POPG C28 53 0.03 12.011 54 HAL2 1 POPG H8R 54 0.03 1.008 55 HAL2 1 POPG H8S 55 0.03 1.008 56 CEL1 1 POPG C29 56 -0.20 12.011 57 HEL1 1 POPG H91 57 0.11 1.008 58 CEL1 1 POPG C210 58 -0.20 12.011 59 HEL1 1 POPG H101 59 0.11 1.008 60 CTL2 1 POPG C211 60 0.03 12.011 61 HAL2 1 POPG H11R 61 0.03 1.008 62 HAL2 1 POPG H11S 62 0.03 1.008 63 CTL2 1 POPG C212 63 0.0 12.011 64 HAL2 1 POPG H12R 64 0.0 1.008 65 HAL2 1 POPG H12S 65 0.0 1.008 66 CTL2 1 POPG C213 66 0.0 12.011 67 HAL2 1 POPG H13R 67 0.0 1.008 68 HAL2 1 POPG H13S 68 0.0 1.008 69 CTL2 1 POPG C214 69 0.0 12.011 70 HAL2 1 POPG H14R 70 0.0 1.008 71 HAL2 1 POPG H14S 71 0.0 1.008 72 CTL2 1 POPG C215 72 0.0 12.011 73 HAL2 1 POPG H15R 73 0.0 1.008 74 HAL2 1 POPG H15S 74 0.0 1.008 75 CTL2 1 POPG C216 75 0.0 12.011 76 HAL2 1 POPG H16R 76 0.0 1.008 77 HAL2 1 POPG H16S 77 0.0 1.008 78 CTL2 1 POPG C217 78 0.047 12.011 79 HAL2 1 POPG H17R 79 -0.007 1.008 80 HAL2 1 POPG H17S 80 -0.007 1.008 81 CTL3 1 POPG C218 81 -0.081 12.011 82 HAL3 1 POPG H18R 82 0.016 1.008 83 HAL3 1 POPG H18S 83 0.016 1.008 84 HAL3 1 POPG H18T 84 0.016 1.008 85 CTL2 1 POPG C33 85 0.0 12.011 86 HAL2 1 POPG H3X 86 0.0 1.008 87 HAL2 1 POPG H3Y 87 0.0 1.008 88 CTL2 1 POPG C34 88 0.0 12.011 89 HAL2 1 POPG H4X 89 0.0 1.008 90 HAL2 1 POPG H4Y 90 0.0 1.008 91 CTL2 1 POPG C35 91 0.0 12.011 92 HAL2 1 POPG H5X 92 0.0 1.008 93 HAL2 1 POPG H5Y 93 0.0 1.008 94 CTL2 1 POPG C36 94 0.0 12.011 95 HAL2 1 POPG H6X 95 0.0 1.008 96 HAL2 1 POPG H6Y 96 0.0 1.008 97 CTL2 1 POPG C37 97 0.0 12.011 98 HAL2 1 POPG H7X 98 0.0 1.008 99 HAL2 1 POPG H7Y 99 0.0 1.008 100 CTL2 1 POPG C38 100 0.0 12.011 101 HAL2 1 POPG H8X 101 0.0 1.008 102 HAL2 1 POPG H8Y 102 0.0 1.008 103 CTL2 1 POPG C39 103 0.0 12.011 104 HAL2 1 POPG H9X 104 0.0 1.008 105 HAL2 1 POPG H9Y 105 0.0 1.008 106 CTL2 1 POPG C310 106 0.0 12.011 107 HAL2 1 POPG H10X 107 0.0 1.008 108 HAL2 1 POPG H10Y 108 0.0 1.008 109 CTL2 1 POPG C311 109 0.0 12.011 110 HAL2 1 POPG H11X 110 0.0 1.008 111 HAL2 1 POPG H11Y 111 0.0 1.008 112 CTL2 1 POPG C312 112 0.0 12.011 113 HAL2 1 POPG H12X 113 0.0 1.008 114 HAL2 1 POPG H12Y 114 0.0 1.008 115 CTL2 1 POPG C313 115 0.0 12.011 116 HAL2 1 POPG H13X 116 0.0 1.008 117 HAL2 1 POPG H13Y 117 0.0 1.008 118 CTL2 1 POPG C314 118 0.0 12.011 119 HAL2 1 POPG H14X 119 0.0 1.008 120 HAL2 1 POPG H14Y 120 0.0 1.008 121 CTL2 1 POPG C315 121 0.047 12.011 122 HAL2 1 POPG H15X 122 -0.007 1.008 123 HAL2 1 POPG H15Y 123 -0.007 1.008 124 CTL3 1 POPG C316 124 -0.081 12.011 125 HAL3 1 POPG H16X 125 0.016 1.008 126 HAL3 1 POPG H16Y 126 0.016 1.008 127 HAL3 1 POPG H16Z 127 0.016 1.008 [ bonds ] ; 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ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5 2 1 4 5 9 3 1 4 5 9 6 1 4 5 9 2 1 6 7 9 2 1 6 8 9 2 1 6 10 9 3 1 6 7 9 3 1 6 8 9 3 1 6 10 9 4 1 6 7 9 4 1 6 8 9 4 1 6 10 9 1 6 8 9 9 7 6 8 9 9 10 6 8 9 9 1 6 10 11 9 1 6 10 12 9 1 6 10 16 9 7 6 10 11 9 7 6 10 12 9 7 6 10 16 9 8 6 10 11 9 8 6 10 12 9 8 6 10 16 9 6 10 16 13 9 11 10 16 13 9 12 10 16 13 9 14 13 16 10 9 15 13 16 10 9 17 13 16 10 9 14 13 17 18 9 15 13 17 18 9 16 13 17 18 9 13 17 18 19 9 13 17 18 20 9 13 17 18 21 9 17 18 21 22 9 17 18 21 23 9 17 18 21 29 9 19 18 21 22 9 19 18 21 23 9 19 18 21 29 9 20 18 21 22 9 20 18 21 23 9 20 18 21 29 9 18 21 23 24 9 22 21 23 24 9 29 21 23 24 9 18 21 29 30 9 18 21 29 31 9 18 21 29 32 9 22 21 29 30 9 22 21 29 31 9 22 21 29 32 9 23 21 29 30 9 23 21 29 31 9 23 21 29 32 9 21 23 24 25 9 21 23 24 26 9 23 24 26 27 9 23 24 26 28 9 23 24 26 38 9 25 24 26 27 9 25 24 26 28 9 25 24 26 38 9 24 26 38 39 9 24 26 38 40 9 24 26 38 41 9 27 26 38 39 9 27 26 38 40 9 27 26 38 41 9 28 26 38 39 9 28 26 38 40 9 28 26 38 41 9 21 29 32 33 9 30 29 32 33 9 31 29 32 33 9 29 32 33 34 9 29 32 33 35 9 32 33 35 36 9 32 33 35 37 9 32 33 35 85 9 34 33 35 36 9 34 33 35 37 9 34 33 35 85 9 33 35 85 86 9 33 35 85 87 9 33 35 85 88 9 36 35 85 86 9 36 35 85 87 9 36 35 85 88 9 37 35 85 86 9 37 35 85 87 9 37 35 85 88 9 26 38 41 42 9 26 38 41 43 9 26 38 41 44 9 39 38 41 42 9 39 38 41 43 9 39 38 41 44 9 40 38 41 42 9 40 38 41 43 9 40 38 41 44 9 38 41 44 45 9 38 41 44 46 9 38 41 44 47 9 42 41 44 45 9 42 41 44 46 9 42 41 44 47 9 43 41 44 45 9 43 41 44 46 9 43 41 44 47 9 41 44 47 48 9 41 44 47 49 9 41 44 47 50 9 45 44 47 48 9 45 44 47 49 9 45 44 47 50 9 46 44 47 48 9 46 44 47 49 9 46 44 47 50 9 44 47 50 51 9 44 47 50 52 9 44 47 50 53 9 48 47 50 51 9 48 47 50 52 9 48 47 50 53 9 49 47 50 51 9 49 47 50 52 9 49 47 50 53 9 47 50 53 54 9 47 50 53 55 9 47 50 53 56 9 51 50 53 54 9 51 50 53 55 9 51 50 53 56 9 52 50 53 54 9 52 50 53 55 9 52 50 53 56 9 50 53 56 57 9 50 53 56 58 9 54 53 56 57 9 54 53 56 58 9 55 53 56 57 9 55 53 56 58 9 53 56 58 59 9 53 56 58 60 9 57 56 58 59 9 57 56 58 60 9 56 58 60 61 9 56 58 60 62 9 56 58 60 63 9 59 58 60 61 9 59 58 60 62 9 59 58 60 63 9 58 60 63 64 9 58 60 63 65 9 58 60 63 66 9 61 60 63 64 9 61 60 63 65 9 61 60 63 66 9 62 60 63 64 9 62 60 63 65 9 62 60 63 66 9 60 63 66 67 9 60 63 66 68 9 60 63 66 69 9 64 63 66 67 9 64 63 66 68 9 64 63 66 69 9 65 63 66 67 9 65 63 66 68 9 65 63 66 69 9 63 66 69 70 9 63 66 69 71 9 63 66 69 72 9 67 66 69 70 9 67 66 69 71 9 67 66 69 72 9 68 66 69 70 9 68 66 69 71 9 68 66 69 72 9 66 69 72 73 9 66 69 72 74 9 66 69 72 75 9 70 69 72 73 9 70 69 72 74 9 70 69 72 75 9 71 69 72 73 9 71 69 72 74 9 71 69 72 75 9 69 72 75 76 9 69 72 75 77 9 69 72 75 78 9 73 72 75 76 9 73 72 75 77 9 73 72 75 78 9 74 72 75 76 9 74 72 75 77 9 74 72 75 78 9 72 75 78 79 9 72 75 78 80 9 72 75 78 81 9 76 75 78 79 9 76 75 78 80 9 76 75 78 81 9 77 75 78 79 9 77 75 78 80 9 77 75 78 81 9 75 78 81 82 9 75 78 81 83 9 75 78 81 84 9 79 78 81 82 9 79 78 81 83 9 79 78 81 84 9 80 78 81 82 9 80 78 81 83 9 80 78 81 84 9 35 85 88 89 9 35 85 88 90 9 35 85 88 91 9 86 85 88 89 9 86 85 88 90 9 86 85 88 91 9 87 85 88 89 9 87 85 88 90 9 87 85 88 91 9 85 88 91 92 9 85 88 91 93 9 85 88 91 94 9 89 88 91 92 9 89 88 91 93 9 89 88 91 94 9 90 88 91 92 9 90 88 91 93 9 90 88 91 94 9 88 91 94 95 9 88 91 94 96 9 88 91 94 97 9 92 91 94 95 9 92 91 94 96 9 92 91 94 97 9 93 91 94 95 9 93 91 94 96 9 93 91 94 97 9 91 94 97 98 9 91 94 97 99 9 91 94 97 100 9 95 94 97 98 9 95 94 97 99 9 95 94 97 100 9 96 94 97 98 9 96 94 97 99 9 96 94 97 100 9 94 97 100 101 9 94 97 100 102 9 94 97 100 103 9 98 97 100 101 9 98 97 100 102 9 98 97 100 103 9 99 97 100 101 9 99 97 100 102 9 99 97 100 103 9 97 100 103 104 9 97 100 103 105 9 97 100 103 106 9 101 100 103 104 9 101 100 103 105 9 101 100 103 106 9 102 100 103 104 9 102 100 103 105 9 102 100 103 106 9 100 103 106 107 9 100 103 106 108 9 100 103 106 109 9 104 103 106 107 9 104 103 106 108 9 104 103 106 109 9 105 103 106 107 9 105 103 106 108 9 105 103 106 109 9 103 106 109 110 9 103 106 109 111 9 103 106 109 112 9 107 106 109 110 9 107 106 109 111 9 107 106 109 112 9 108 106 109 110 9 108 106 109 111 9 108 106 109 112 9 106 109 112 113 9 106 109 112 114 9 106 109 112 115 9 110 109 112 113 9 110 109 112 114 9 110 109 112 115 9 111 109 112 113 9 111 109 112 114 9 111 109 112 115 9 109 112 115 116 9 109 112 115 117 9 109 112 115 118 9 113 112 115 116 9 113 112 115 117 9 113 112 115 118 9 114 112 115 116 9 114 112 115 117 9 114 112 115 118 9 112 115 118 119 9 112 115 118 120 9 112 115 118 121 9 116 115 118 119 9 116 115 118 120 9 116 115 118 121 9 117 115 118 119 9 117 115 118 120 9 117 115 118 121 9 115 118 121 122 9 115 118 121 123 9 115 118 121 124 9 119 118 121 122 9 119 118 121 123 9 119 118 121 124 9 120 118 121 122 9 120 118 121 123 9 120 118 121 124 9 118 121 124 125 9 118 121 124 126 9 118 121 124 127 9 122 121 124 125 9 122 121 124 126 9 122 121 124 127 9 123 121 124 125 9 123 121 124 126 9 123 121 124 127 9 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 24 23 26 25 2 33 32 35 34 2