; ; GROMOS-CKP DPPE. Thomas Piggot 2011 ; ; If you use this topology please read and cite: ; ; Electroporation of the E. coli and S. aureus Membranes: Molecular Dynamics Simulations of Complex Bacterial Membranes ; http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp207013v ; [ moleculetype ] ; Name nrexcl DPPE 3 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB 1 H 1 DPPE H1 1 0.4 1.008 ; qtot 0.4 2 H 1 DPPE H2 1 0.4 1.008 ; qtot 0.8 3 H 1 DPPE H3 1 0.4 1.008 ; qtot 1.2 4 NL 1 DPPE N4 1 -0.5 14.0067 ; qtot 0.7 5 CH2 1 DPPE C5 1 0.3 14.027 ; qtot 1.0 6 CH2 1 DPPE C6 2 0.4 14.027 ; qtot 1.4 7 OA 1 DPPE O7 2 -0.8 15.9994 ; qtot 0.60 8 P 1 DPPE P8 2 1.7 30.9738 ; qtot 2.3 9 OM 1 DPPE O9 2 -0.8 15.9994 ; qtot 1.5 10 OM 1 DPPE O10 2 -0.8 15.9994 ; qtot 0.7 11 OA 1 DPPE O11 2 -0.7 15.9994 ; qtot 0 12 CH2 1 DPPE C12 3 0.4 14.027 ; qtot 0.4 13 CH1 1 DPPE C13 3 0.3 13.019 ; qtot 0.7 14 OE 1 DPPE O14 3 -0.7 15.9994 ; qtot 0 15 CH0 1 DPPE C15 3 0.7 12.011 ; qtot 0.7 16 O 1 DPPE O16 3 -0.7 15.9994 ; qtot 0 17 CH2 1 DPPE C17 4 0 14.027 ; qtot 0 18 CH2 1 DPPE C18 4 0 14.027 ; qtot 0 19 CH2 1 DPPE C19 5 0 14.027 ; qtot 0 20 CH2 1 DPPE C20 5 0 14.027 ; qtot 0 21 CH2 1 DPPE C21 6 0 14.027 ; qtot 0 22 CH2 1 DPPE C22 6 0 14.027 ; qtot 0 23 CH2 1 DPPE C23 7 0 14.027 ; qtot 0 24 CH2 1 DPPE C24 7 0 14.027 ; qtot 0 25 CH2 1 DPPE C25 8 0 14.027 ; qtot 0 26 CH2 1 DPPE C26 8 0 14.027 ; qtot 0 27 CH2 1 DPPE C27 9 0 14.027 ; qtot 0 28 CH2 1 DPPE C28 9 0 14.027 ; qtot 0 29 CH2 1 DPPE C29 10 0 14.027 ; qtot 0 30 CH2 1 DPPE C30 11 0 14.027 ; qtot 0 31 CH3 1 DPPE C31 12 0 15.035 ; qtot 0 32 CH2 1 DPPE C32 13 0.5 14.027 ; qtot 0.5 33 OE 1 DPPE O33 13 -0.7 15.9994 ; qtot -0.2 34 CH0 1 DPPE C34 13 0.8 12.011 ; qtot 0.6 35 O 1 DPPE O35 13 -0.6 15.9994 ; qtot 0 36 CH2 1 DPPE C36 14 0 14.027 ; qtot 0 37 CH2 1 DPPE C37 14 0 14.027 ; qtot 0 38 CH2 1 DPPE C38 15 0 14.027 ; qtot 0 39 CH2 1 DPPE C39 15 0 14.027 ; qtot 0 40 CH2 1 DPPE C40 16 0 14.027 ; qtot 0 41 CH2 1 DPPE C41 16 0 14.027 ; qtot 0 42 CH2 1 DPPE C42 17 0 14.027 ; qtot 0 43 CH2 1 DPPE C43 17 0 14.027 ; qtot 0 44 CH2 1 DPPE C44 18 0 14.027 ; qtot 0 45 CH2 1 DPPE C45 18 0 14.027 ; qtot 0 46 CH2 1 DPPE C46 19 0 14.027 ; qtot 0 47 CH2 1 DPPE C47 19 0 14.027 ; qtot 0 48 CH2 1 DPPE C48 20 0 14.027 ; qtot 0 49 CH2 1 DPPE C49 20 0 14.027 ; qtot 0 50 CH3 1 DPPE C50 21 0 15.035 ; qtot 0 [ bonds ] ; ai aj funct c0 c1 c2 c3 1 4 2 gb_2 2 4 2 gb_2 3 4 2 gb_2 4 5 2 gb_21 5 6 2 gb_27 6 7 2 gb_18 7 8 2 gb_28 8 9 2 gb_24 8 10 2 gb_24 8 11 2 gb_28 11 12 2 gb_18 12 13 2 gb_27 13 14 2 gb_18 13 32 2 gb_27 14 15 2 gb_10 15 16 2 gb_5 15 17 2 gb_23 17 18 2 gb_27 18 19 2 gb_27 19 20 2 gb_27 20 21 2 gb_27 21 22 2 gb_27 22 23 2 gb_27 23 24 2 gb_27 24 25 2 gb_27 25 26 2 gb_27 26 27 2 gb_27 27 28 2 gb_27 28 29 2 gb_27 29 30 2 gb_27 30 31 2 gb_27 32 33 2 gb_18 33 34 2 gb_10 34 35 2 gb_5 34 36 2 gb_23 36 37 2 gb_27 37 38 2 gb_27 38 39 2 gb_27 39 40 2 gb_27 40 41 2 gb_27 41 42 2 gb_27 42 43 2 gb_27 43 44 2 gb_27 44 45 2 gb_27 45 46 2 gb_27 46 47 2 gb_27 47 48 2 gb_27 48 49 2 gb_27 49 50 2 gb_27 [ pairs ] ; ai aj funct c0 c1 c2 c3 4 7 1 5 8 1 6 9 1 6 10 1 6 11 1 7 12 1 8 13 1 9 12 1 10 12 1 11 14 1 11 32 1 12 15 1 12 33 1 13 16 1 13 17 1 13 34 1 14 18 1 14 33 1 15 19 1 15 32 1 16 18 1 17 20 1 18 21 1 19 22 1 20 23 1 21 24 1 22 25 1 23 26 1 24 27 1 25 28 1 26 29 1 27 30 1 28 31 1 32 35 1 32 36 1 33 37 1 34 38 1 35 37 1 36 39 1 37 40 1 38 41 1 39 42 1 40 43 1 41 44 1 42 45 1 43 46 1 44 47 1 45 48 1 46 49 1 47 50 1 [ angles ] ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3 1 4 2 2 ga_10 1 4 3 2 ga_10 1 4 5 2 ga_11 2 4 3 2 ga_10 2 4 5 2 ga_11 3 4 5 2 ga_11 4 5 6 2 ga_15 5 6 7 2 ga_15 6 7 8 2 ga_26 7 8 9 2 ga_14 7 8 10 2 ga_14 7 8 11 2 ga_5 9 8 10 2 ga_29 9 8 11 2 ga_14 10 8 11 2 ga_14 8 11 12 2 ga_26 11 12 13 2 ga_15 12 13 14 2 ga_13 12 13 32 2 ga_13 14 13 32 2 ga_13 13 14 15 2 ga_22 14 15 16 2 ga_31 14 15 17 2 ga_16 16 15 17 2 ga_35 15 17 18 2 ga_15 17 18 19 2 ga_15 18 19 20 2 ga_15 19 20 21 2 ga_15 20 21 22 2 ga_15 21 22 23 2 ga_15 22 23 24 2 ga_15 23 24 25 2 ga_15 24 25 26 2 ga_15 25 26 27 2 ga_15 26 27 28 2 ga_15 27 28 29 2 ga_15 28 29 30 2 ga_15 29 30 31 2 ga_15 13 32 33 2 ga_15 32 33 34 2 ga_22 33 34 35 2 ga_31 33 34 36 2 ga_16 35 34 36 2 ga_35 34 36 37 2 ga_15 36 37 38 2 ga_15 37 38 39 2 ga_15 38 39 40 2 ga_15 39 40 41 2 ga_15 40 41 42 2 ga_15 41 42 43 2 ga_15 42 43 44 2 ga_15 43 44 45 2 ga_15 44 45 46 2 ga_15 45 46 47 2 ga_15 46 47 48 2 ga_15 47 48 49 2 ga_15 48 49 50 2 ga_15 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5 1 4 5 6 1 gd_29 4 5 6 7 1 gd_4 4 5 6 7 1 gd_36 5 6 7 8 1 gd_29 6 7 8 11 1 gd_20 6 7 8 11 1 gd_27 7 8 11 12 1 gd_20 7 8 11 12 1 gd_27 8 11 12 13 1 gd_29 11 12 13 32 1 gd_34 12 13 14 15 1 gd_29 12 13 32 33 1 gd_34 13 14 15 17 1 gd_13 14 15 17 18 1 gd_40 15 17 18 19 1 gd_34 17 18 19 20 1 gd_34 18 19 20 21 1 gd_34 19 20 21 22 1 gd_34 20 21 22 23 1 gd_34 21 22 23 24 1 gd_34 22 23 24 25 1 gd_34 23 24 25 26 1 gd_34 24 25 26 27 1 gd_34 25 26 27 28 1 gd_34 26 27 28 29 1 gd_34 27 28 29 30 1 gd_34 28 29 30 31 1 gd_34 13 32 33 34 1 gd_29 32 33 34 36 1 gd_13 33 34 36 37 1 gd_40 34 36 37 38 1 gd_34 36 37 38 39 1 gd_34 37 38 39 40 1 gd_34 38 39 40 41 1 gd_34 39 40 41 42 1 gd_34 40 41 42 43 1 gd_34 41 42 43 44 1 gd_34 42 43 44 45 1 gd_34 43 44 45 46 1 gd_34 44 45 46 47 1 gd_34 45 46 47 48 1 gd_34 46 47 48 49 1 gd_34 47 48 49 50 1 gd_34 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 13 32 12 14 2 gi_2 15 14 17 16 2 gi_1 34 33 36 35 2 gi_1